Gümüşhane-Şiran karayolunun üzerinde bulunan Karamustafa köyü kuzeyinde yükselen dağlık alanın tepesindedir. Burası, ortalama yüksekliği 2100 m. olan bir platodur. Mağara, platonun 600 m. kuzey doğusundadır. Üçbacalı Mağara yatay ve dar bir girişten sonra, tavan çökmesi sonucu gelişmiş geniş bir dikey girişe daha sahiptir. Dikey giriş 10 m. çapında ve 4 m. derinliğindedir. Bu dikey girişten sonra mağaranın tabanı kaya bloklarla kaplıdır. Daha sonra 10 ve 14 no lu ölçüm noktaları arasında geniş fakat çok basık bir salon yer alır. Bu salonun tabanı toprak ve yarısı gübresi ile kaplıdır. Daha sonra mağara dar bir kanyon şeklinde devam eder. Tavan yüksekliği 10-19 m. civarındadır. Açık gri ve oldukça saf kireçtaşlarının mağara oluşumlarına büyük etkisi olmuştur. Mağaranın orta bölümü ve son bölümü damlalaş oluşumları bakımından oldukça zengindir. Mağaranın sonunda 10 m. uzunluğunda ve 1 m. derinliğinde bulunan göl mağaranın su varlığını göstermektedir. Bu gölden yağışlı havalarda aşağıya akan sular bol miktarda damlataşı oluşumlarına neden olmaktadır.